┌─○長章　───┬─●長胤
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　　　　　　　│
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　　　　　　　　　┌─○忠脩　─────●長次　───┴─●長勝　　　　├─○長宥
　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　分家
　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└─●長円　───┬─●長邕
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　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└─●長興　　　　┌─○忠固
　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　本家嗣
　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　○秀政　───┴─○忠真　─────○忠雄　─────○忠基　─────●長逵　───┬─●長為　───┴─●長禎　─────●長武　───┐
　　　小笠原家　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└─○忠苗　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　本家嗣　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　┌──────────────────────────────────────────────────────────────┘
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　　　　　　　　　└─●忠幹　───┬─●貞孚
　　　　　　　　　　　　本家嗣　　　│　　小笠原子爵家
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　　　　　　　　　　　　　　　　　　└─○忠忱
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　小笠原伯爵家

1. 小笠原長次（1615-1666）　龍野藩主、藩主。
2. 小笠原長勝（1646-1682）　藩主。
3. 小笠原長胤（1668-1709）　藩主。
4. 小笠原長円（1676-1713）　藩主。
5. 小笠原長邕（1711-1716）　藩主、改易。

6. 小笠原長興（1712-1786）　藩主。
7. 小笠原長逵（1713-1770）　藩主。
8. 小笠原長為（1745-1782）　藩主。
9. 小笠原長禎（1781-1825）　藩主。
10. 小笠原長武（1809-1839）　藩主。
11. 小笠原忠幹（1827-1865）　藩主、小倉藩主。
12. 小笠原貞孚（1850-1905）　藩主、子爵。